A l’origine de ce dernier roman d’Haruki Murakami, une nouvelle, écrite et publiée dans une revue littéraire il y a 40 ans. C’est ce que l’auteur a tenu à préciser dans une brève postface dont il dit qu’il n’a pas le goût mais qui lui paraissait en l’espèce nécessaire. De cette nouvelle, il conserve l’idée qu’elle contient « des éléments d’une importance cruciale pour [lui] » qu’il n’était pas capable de suffisamment travailler à l’époque. Il la réécrit de manière substantielle une première fois en 1985 dans son roman La fin des temps. Cependant, l’idée d’une forme différente pour cette histoire demeure. En 2020, il décide de la réécrire à nouveau en repartant à zéro. L’écriture se fait en plusieurs étapes pendant la pandémie de covid ; croyant un temps l’histoire terminée, il s’aperçoit qu’elle ne l’est pas et adjoint une 2^ème puis une 3^ème partie au texte de départ. 
La cité aux murs incertains contient donc un certain nombre de « motifs » et de thèmes chers à Murakami, la solitude, la dualité, le caractère incertain de la réalité, les amours impossibles, la mélancolie… « Selon Jorge Luis Borges, il n’existe qu’un nombre limité d’histoires qu’un écrivain peut véritablement raconter avec sincérité au cours de sa vie. En quelque sorte, nous ne sommes capables de traiter ce nombre limité de motifs que sous différentes formes et avec les moyens dont nous disposons ».